Клещи, находясь на ветках или траве, при приближении животного или человека могут сначала прицепиться к нему, а потом добраться до открытых участков кожи. Чаще всего — это шея, волосистая часть головы, спина, подмышечные и паховые области.
Слюна клеща содержит обезболивающее вещество, поэтому укус его безболезнен и длительное время не заметен.
Вместе со слюной заражённые клещи передают в кровь человека или животного не только вирус клещевого энцефалита, но и, в некоторых случаях, спирохеты, которые вызывают заболевание, клинически сходное с клещевым энцефалитом — клещевой боррелиоз.